Kakashi était, avec Uchiwa Obito et Lin, l'élève de Yondaime, le futur quatrième Hokage. Il se garde son sharingan caché, car n'étant pas de la lignée des Uchiwa, celui-ci consomme beaucoup de chakra. Le reste de son visage est également en grande partie cacher par un masque, ne laissant apparaître que son œil droit. Kakashi est connu dans le monde de Naruto sous le nom de Kakashi le ninja copieur , et est réputé pour avoir copié plus de 1000 techniques de ses adversaires à l'aide de son sharingan. Il est extrêmement intelligent, vif, courageux. Naruto dit de lui: « Il est plus intelligent que Shikamaru, il a un meilleur odorat que Kiba, il maîtrise mieux son sharingan que Sasuke et possède un meilleur tai-jutsu que gros-sourcils (Rock Lee) ». Orochimaru, le légendaire sannin, flatte Kabuto Yakushi en le prétendant du même niveau que Kakashi. À un moment, il est même prêt à se sacrifier pour éliminer ce dernier.
Kakashi Gaiden est un flash back de 5 chapitres relatant la jeunesse de Kakashi.
L'histoire se déroule 12 ans plus tôt, pendant la guerre mondiale entre les villages ninja. Le jeune Kakashi est alors dans l'équipe dirigée par Minato Namikaze, celui qui deviendra le 4e hokage. Ses compagnons sont Obito Uchiwa, un ninja assez trouillard qui n'arrivait jamais à l'heure et surtout s'inventait des excuses que personne ne croyait, et Rin, une kunoichi spécialiste en médecine.
Kakashi est un ninja surdoué et vient d'ailleurs d'obtenir sa promotion au rang de jōnin alors qu'il n'a que 13 ans. Il a également a mis au point son chidori, tout seul sans aucune aide, une technique très efficace destinée aux assassinats, qui a malgré tout une petite faille : les mouvements de Kakashi sont si rapides qu'il ne peut pas voir les contre-attaques de son adversaire, aussi son sensei lui déconseille de l'utiliser.
Entre Obito et Kakashi il y a une rivalité comparable à celle entre Naruto et Sasuke. Comme Sasuke, Obito est un membre du clan Uchiwa, il possède donc la technique héréditaire du Sharingan... mais il n'a pas encore réussi à l'éveiller, ce qui le laisse à un niveau inférieur à celui de Kakashi.
Kakashi est le fils du ninja de génie Sakumo Hatake, aussi connu sous le nom de « Croc-blanc de Konoha ». Sakumo était respecté comme un sannin légendaire, jusqu'au jour où, lors d'une mission il dut choisir entre la survie de ses équipiers ou le succès de la mission. Il préféra sauver la vie de son équipe mais par sa faute le pays du feu subit de lourdes pertes. Sakumo fut déshonoré, et même les compagnons auxquels il avait sauvé la vie l'abandonnèrent. Sakumo mit fin à ses jours. Après cela Kakashi n'a plus jamais parlé de son père et il se borne à suivre les règles et les lois à la lettre.
Les circonstances de la guerre amènent l'équipe à effectuer une mission périlleuse en territoire ennemi. L'équipe doit se séparer. Kakashi, fraîchement promu jōnin, se retrouve pour la première fois leader d'Obito et Rin, tandis que leur ancien sensei part dans une autre direction.
Malheureusement, les 3 jeunes ninjas tombent dans une embuscade. Au cours du combat, alors qu'Obito est sur le point d'être tué à cause d'une maladresse, Kakashi s'interpose pour sauver son ami et est sérieusement touché à l'œil gauche. Le violence de la scène éveille le sharingan d'Obito qui peut ainsi apercevoir l'ennemi camouflé et lui planter un kunaï dans le cœur.
Au cours du dernier affrontement, dans une grotte, l'ennemi utilise une technique doton qui provoque un éboulement. Kakashi, assommé par une pierre, est pris au piège. Alors qu'un rocher va l'écraser, Obito se sacrifie pour le sauver. Obito, mourant, demande alors à Rin d'utiliser ses compétences médicales pour lui arracher son sharingan et le greffer à Kakashi pour remplacer son œil gauche crevé lors du combat.
Kakashi obtient ainsi l'élément manquant pour rendre son chidori parfait : le sharingan lui permet en effet d'anticiper les mouvements de l'adversaire, et donc de voir ses éventuels contres. Néanmoins, le sharingan ainsi greffé consomme énormément de chakra, ce qui obligera par la suite Kakashi à porter un bandeau sur l'œil lorsqu'il ne l'utilise pas, pour économiser son énergie spirituelle.
Grâce à son chidori, Kakashi parvient à sauver Rin, repoussant les nombreux adversaires jusqu'à l'arrivée des renforts.
L'histoire se termine sur l'image de Kakashi, posant des fleurs sur la tombe de son meilleur ami, mort en héros pour le sauver.
Cet évènement va complètement changer Kakashi. Lui qui ne jurait que par la ponctualité, le respect des règles et la réussite de la mission coûte que coûte, va maintenant comprendre que ces règles ne valent rien si l'on doit abandonner ses amis. Les épreuves des deux clochettes et des deux bols de nourriture qu'il fera passer à l'équipe Naruto Uzumaki-Sakura Haruno-Sasuke Uchiwa vont dans ce sens. On remarquera qu'il a également adopté l'attitude un peu désinvolte d'Obito : ses élèves lui reprochent souvent d'être toujours en retard sous de faux prétextes aux entrainements.
Dans Naruto Shippuden Kakashi a poussé son Sharingan à un niveau supérieur : une variante du Mangekyō Sharingan. Cette évolution lui a permis de développer de nouvelles techniques redoutables. Jusqu'alors Itachi Uchiwa était le seul à posséder ce redoutable dōjutsu. La forme du Mangekyō Sharingan des deux hommes est toutefois différente, ce qui est peut-être lié au fait qu'ils n'utilisent pas tout à fait les mêmes techniques. La technique de Kakashi consiste à «viser» un point et en utilisant son Mangekyō Sharingan à l'envoyer dans une autre dimension, cette technique ressemble donc pas mal au Tsukoyomi de Itachi mais est moins précise et moins puissante. Il utilisera cette technique pour faire « disparaitre » un bras de Deidara, mais on sentira bien la faiblesse de cette technique qui laisse le lanceur en grande fatigue physique et mentale (il ne peut l'utiliser que deux fois par jour alors qu'il pouvait utiliser quatre fois le Chidori). La manière dont il a acquit le Mangekyō Sharingan reste pour l'instant un mystère. D'après Itachi, l'acquisition du Mangekyō Sharingan se fait au prix d'un gros sacrifice où l'on doit tuer son meilleur ami. Or, on sait que Kakashi Hatake a perdu « tous les êtres qu'il aimait » : il est donc possible qu'il ait pu acquérir ce nouveau sharingan « grâce » à cette perte mais le fait qu'il ne possède pas le même Mangekyō Sharingan qu'Itachi laisse également penser qu'il a pu l'obtenir d'une autre façon. Ces deux sharingan semble être identiques,de plus depuis son acquisition Kakashi résiste mieux au sharingan normal. Tsunade dit de lui qu'il pourrait devenir le 6e Hokage. C'est un très puissant ninja, reconnu par Jiraya, dans shippuuden il parvient à battre rapidement le clone d'Itachi. Ensuite il fera exploser le bras de Deidara en le contraignant à prendre la fuite.
