Orochimaru est l'un des trois ninjas légendaires Sannin du village de Konoha, avec Jiraya et Tsunade. Il eut pour maître le Sandaime Sarutobi, tout comme Tsunade et Jiraya. Il a déserté le village après la nomination du 4e hokage, et en veut au 3e hokage au point de tenter de le tuer pour ne pas l'avoir nommé à la place. Il abandonna Konoha, où de toute manière il n'était plus le bienvenu car ses recherches en kinjutsu avaient été découvertes par Sarutobi. Devenu maître dans l'art des techniques interdites, il constitue l'un des ninjas des plus dangereux et également des plus crains notamment à ses expériences pratiqués sur des corps hummains.
Devenant très vite un criminel de rang S dans le Bingo Book, Orochimaru est amené à rejoindre l'Akatsuki, organisation secrète de ninjas renégats dans leurs villages respectifs. Dans l'organisation, Orochimaru était le n°5, placé juste après Akasuna no Sasori. Sa bague est Kuchin : l'Ether, portée à l'auriculaire gauche. On ne connaît pas très bien les motivations qui l'ont poussé à rejoindre cette organisation, mais une rencontre qu'il y fera sera décisive : Itachi Uchiwa. Orochimaru tentera de s'emparer du corps et du Sharingan d'Itachi par le même rituel qu'il emploiera sur deux autres individus afin de s'emparer de leur corps, rituel qu'il utilisera en vain sur Sasuke dans ce même but. Itachi, le vaincra (chapitre 345), contrant son jutsu et lui tranchant la main gauche, que l'on peut voir dans son repère d'Oto. Orochimaru sera donc forcé de quitter Akatsuki, Deidara lui servira de remplaçant en tant que coéquipier de Sasori. Il est dorénavant clair pour lui que pour parvenir à la connaissance ultime de tous les jutsus, il lui faut aussi être détenteur du sharingan. On sait maintenant d'où vient cet intérêt pour Sasuke, jeune frère d'Itachi, et à ce titre détenteur également du sharingan.
Après avoir quitté l'Akatsuki qu'il entreprend la création du village du son. Étant donné sa réputation, il est approché par des hauts dignitaires du pays pour le créer, ce qu'il fera. On peut suspecter que celui-ci ait été créé pour satisfaire à deux exigences: devenir enfin Kage, et avoir une arme pour prendre une revanche envers Konoha. Les ninjas qui forment le village sont rencontrés durant les voyages d'Orochimaru, par exemple Kimimaro. Les ninjas d'Oto ont une dévotion sans bornes pour leur Chef. Cela s'explique quand, au fil des épisodes, leur rencontre avec Orochimaru est dévoilée: on comprend que celui-ci est, pour chacun d'entre eux, un sauveur, ou du moins la première personne qui leur ait tendu la main. A l'inverse, Orochimaru semble ne voir en eux que des outils, nécessaire à ses plans, tout comme le sharingan est un outil nécessaire à sa soif de puissance (exception faite de Kabuto, pour lequel on peut suspecter un certain attachement, bien que ses connaissances médicales soient en elle-même une raison suffisante pour qu'Orochimaru tienne à l'avoir à ses côtés). Ayant formé le villages d'Oto dans le Pays du riz (village caché du son au pays du riz), on peut lui imputer nombre d'élèves. Cependant, le seul de ses anciens disciples dont nous ayons actuellement connaissance est Anko Mitarashi, disciple dont il se séparera, prétendant un manque de talent. Il a aussi entraîné le quartet d'Oto qui était constitué de: Kidômaru, Jirôbô, Sakon| et Tayuya qui furent sous les ordres de Kimimaro. Ce dernier avait été choisit pour être le réceptacle qui devait accueillir l'âme d'Orochimaru mais cela n'a pû se faire à cause d'une maladie incurable.
Entre temps Orochimaru continue d'entrainer Sasuke mais plus le temps passe et plus ce dernier s'affaiblit . Dans le chapitre 344 on apprend que le vrai corps d'Orochimaru est un serpent blanc (il a fait des expériences sur son propre corps et chaque écaille est une tête de serpent blanc) d'après le Sandaime Hokage ses parents se seraient réincarnés aussi. Bien que battu par Sasuke, Orochimaru n'est pas complètement mort mais emprisonné dans le corps de Sasuke, piégé dans la propre dimension qu'il avait créé pour réaliser les transferts de son esprit vers de nouveaux corps. Son pouvoir s'est révélé inefficace face au Sharingan de Sasuke, qui garde donc le contrôle de son propre corps.
Il est également encore vivant dans le corps de Sasuke car celui-ci le libère lorsqu'il se retrouve face à la technique ultime d'Itachi, Susanoo, à court de chakra. Malheureusement, le sort est contre lui, car, à peine sorti de l'hydre serpent que Sasuke invoque contre Susanoo, il se fait empaler sur l'épée de Totsuka et fond comme une glace pendant que son esprit est enfermé dans le genjutsu.
Il refait une apparition surprise dans le chapitre 356 en tant que partie gauche de Kabuto Yakushi qui affirme posséder désormais l'âme d'Orochimaru et pourra ainsi devenir plus puissant. Cependant l'esprit d'Orochimaru progresse au sein du corps de Kabuto et en contrôle désormais 33%.
On peut supposer qu'il n'est pas mort car il est encore en Kabuto. A l'instar de Pein, qui a partagé son esprit sur plusieurs corps.
